Η ένταξη σε ένα δίκτυο franchise έχει πλεονεκτήματα αλλά και μειονεκτήματα. Πιο κάτω είναι τα βασικά μειονεκτήματα του franchising:

• Περιορίζεται σημαντικά η ανεξαρτησία σας αφού δεν αποφασίζετε εσείς για το τί και πώς θα πουλάτε το προϊόν.
• Εκτός από το entry fee πρέπει να αποδίδετε στον franchisor ποσοστό των εσόδων σας (royalties) για όσο διάστημα λειτουργείτε, να συμμετέχετε στα συνολικά έξοδα διαφήμισης κλπ.
• Εξαρτάστε σε σημαντικό βαθμό από τον franchisor και την ικανότητά του να παρακολουθεί και να ανταποκρίνεται στις εξελίξεις της αγοράς.
• Έχετε περιορισμούς στην περιοχή δραστηριότητας (περιοχή αποκλειστικότητας).
• Το συμβόλαιό σας με την εταιρεία έχει συγκεκριμένο χρονικό ορίζοντα και ανανεώνεται μετά την λήξη μόνο εάν δεν έχετε κάνει καμμία παραβίαση.
• Υπάρχουν περιορισμοί στην πώληση ή στην μεταβίβαση της επιχείρησης σας.
• Έχετε υποχρέωση να ανανεώνετε το το κατάστημά σας, σύμφωνα με τις υποδείξεις του franchisor σας.
• Εξαρτάστε από την απόδοση και των άλλων franchisees καθώς ένα άτομο μπορεί να χαλάσει τη φήμη του δικτύου.